1.档案存储问题

档案存储过于分散，而且容易丢失，存放不同类型的实体档案没有分类造成诸多问题。

2.档案查找问题

档案的长期保存，形成了大量的实体档案，由于档案类型多，档案存量大，档案存储分散，没有分类等问题，造成档案查找困难。

3.档案安全问题

档案馆（室）没有加强防盗保护措施，对于珍藏的重要档案，是应予以重视的安全隐患，一旦被盗，将是档案馆的重大损失，档案管理人员的严重失职。